弊方は、e-Taxで年末調整をしています。このとき個人の所得申請は全てOKと思っていました。しかし市から苦情がきました。国へは申請されますが、県と市には申請されないようです。市への申請を、elTaxで行ってみました。申請は、「PCdeck DL版」で行います。WEB版ではできません。
法人と社員個人の市町村がことなる場合は、提出先の市町村を追加し、提出先を切替えます。

申請メニューで個人住民税を選択しまし、書類を選択します。


次に、特別徴収義務者、つまり会社を登録します。

帳票の内容は年末調整と同じようです。同じ値を入力しました。

次の申請データ一覧から、合計表を入力します。これは年末調整では無かった気がします。

そうすると、市町村用と国用のデータができます。個人住民税から行うと、両方に同時に送れるシステムになっているそうです。

既に国に送っている場合、署名の段階で市町村のみを選びべは、国への二重送信は回避できます。

後は、法人の市町村民税と同様に送信すればOK。
ちなみに個人として、市へ所得申請しようとすると、個人事業者や年金受給者のような扱いになってしまうようで、一人会社でも会社として申請した方がスムーズのようです。申請は法人で、支払いは個人からも選べました。